Le milieu marin est fragile, il est important de le préserver. Il représente une source de vie non négligeable.La protection du milieu est du ressort de tous, individus et collectivités. Protection ne rime pas forcement avec interdiction, une gestion réfléchie de l’environnement permet à chacun de poursuivre ses activités qu’elles soient ludiques ou commerciales à condition de modifier quelque peu les mentalités et les comportements.

En accomplissant des gestes simples et en prenant certaines précautions, le plaisancier peut éviter de polluer le milieu marin et de provoquer des dégradations souvent irréversibles.
Depuis une dizaine d'années, une campagne de sensibilisation, Ecogestes Méditerranée, est menée auprès des usagers de la mer (plaisanciers et professionels) de la région Provence Alpes Côte d'Azur durant la période estivale.
Le problème du stockage des déchets sur un bateau est crucial. La gestion des déchets commence à terre par l’élimination préalable des emballages. Au cours de la navigation, les déchets peuvent être triés et conservés.
L’utilisation d’un entonnoir permet d’éviter de répandre des hydrocarbures dans l’eau quand on fait les pleins (huile, essence, gas-oil).
Les produits détergents sont des polluants, il faut privilégier les produits biodégradables.
Toutes ces précautions s’appliquent également dans les ports. L’eau du port ne stagnant pas (marées, courants), la pollution se retrouve en pleine mer.
L’ancrage sur les fonds sableux est préférable à celui sur les herbiers de Posidonies car ce dernier contribue fortement à l’oxygénation du milieu marin et abrite une faune variée. La destruction de l’habitat entraîne également la disparition des espèces associées et une diminution de la biodiversité.
En quittant une zone de mouillage, il est préférable d’ avancer à l’aplomb de l’ancre avant de la remonter ; cela évite de labourer les fonds marins.
La pêche (taille des prises) ; la chasse sous marine (permis) ainsi que le ramassage des Oursins (période de l’année) et de certains coquillages (espèces protégées) sont réglementés.
Les collectivités territoriales et certains états riverains de la Méditerranée ont pris conscience de l’impact de l’homme sur le milieu marin. La politique de répression vis-à-vis des pollueurs a été renforcée (fortes amendes pour les dégazages sauvages).
Différentes mesures de protection de l’environnement ont été mises en place. On peut citer par exemple :